Sau thời gian lâm trọng bệnh, mặc dù đã được các môn đồ, tập thể bác sĩ Bệnh viện đa khoa tỉnh Bình Định tận tình cứu chữa, nhưng vì tuổi cao sức yếu nên đã viên tịch lúc 13g15 ngày 5-7-2008 tại tu viện Nguyên Thiều, xã Phước Hiệp, huyện Tuy Phước, tỉnh Bình Định.

Chương trình tang lễ như sau: 8g ngày 6-7 (nhằm ngày 4-6 năm Mậu Tý) là lễ nhập kim quan. Sau 8g ngày 6-7 đến trước lúc 7g ngày 11-7 (ngày 9-6 năm Mậu Tý) luân phiên tụng niệm và viếng. Vào 7g ngày 11-7 là lễ cung nghinh nhập bảo tháp.

Tại hải ngoại, Lễ truy niệm cố Hòa thượng Đệ Tứ Tăng thống Thích Huyền Quang được tổ chức tại chùa An Lạc, San Jose, miền Bắc California ngày 6 tháng 7 năm 2008 [9]. Một lễ tưởng nguyện và thọ tang sẽ được tổ chức vào lúc 2 giờ chiều ngày 13 tháng 7 tại chùa Diệu Pháp, trụ sở Trung ương của Giáo hội tại San Gabriel, Quận Los Angeles, miền Nam California [10].

Đã có sự tranh cãi quanh việc tổ chức lễ tang của người đứng đầu Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất [3] và đến nay vẫn chưa ngã ngũ về việc tổ chức tang lễ cũng như người sẽ đứng đầu Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất cũng như tư cách của Giáo hội vì đối với một số người thì Giáo hội Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất không còn tồn tại, đã có sự ngăn cản không cho GHPGVNTN đứng ra lo tang lễ và "tuy HT Huyền Quang không phải là thành viên của giáo hôi Phật giáo Việt Nam, nhưng với tình đồng đạo đối với một vị cao tăng Phật giáo" GHPGVN vẫn muốn "lo đám tang cho HT Huyền Quang" [11]. Từ khi hòa thượng lâm bệnh nặng báo Nhân dân [12], VietnamNet[13] có bài viết lên án hòa thượng Thích Quảng Độ và Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất "thừa cơ mưu toan nhằm gây rối trật tự xã hội" và "lợi dụng Hòa thượng Huyền Quang để lập tổ chức đối lập". Trong khi đó, ông Võ Văn Ái, Phát ngôn nhân Viện Hoá Đạo GHPGVNTN tại hải ngoại "đã cực lực tố cáo những sự dối gạt và áp lực Đại lão Hoà thượng Thích Quảng Độ, Viện trưởng Viện Hoá Đạo, trong những ngày lo tang lễ cho Đức Tăng thống Thích Huyền Quang" và cho là "Truyền thông và báo chí của nhà nước Việt Nam đã vi phạm điều 69 trên Hiến pháp về tự do ngôn luận, tự do báo chí; có quyền được thông tin; có quyền hội họp, lập hội, biểu tình" [14]. Viện Hóa Đạo cho rằng "Đây là sự xâm lược chính trị vào nội bộ sinh hoạt của GHPGVNTN" [15].